Крюковы казармы, также известные как «Флотский экипаж», были построены в 1844—1852 годах по проекту архитектора Ивана Черникова и военного инженера М. А. Пасыпкина. Сначала был выстроен корпус вдоль Крюкова канала, затем со стороны Большой Морской. В 1850 году здание по набережной Крюкова канала перестроено архитектором Александром Кудиновым для размещения флотских экипажей.
Начиная с 2007 года начался переезд в здание бывших казарм Центрального военно-морского музея, завершившийся в 2012 году. Центральный трехуровневый зал музея совмещен с дворовым пространством. В ходе реставрации был сохранен первоначальный исторический облик фасадов, лестниц и внутренней планировки.